孔有德等造反后，一路杀回登莱地区，孙元化应对不利，拒绝听从登莱总兵张可大正确的平叛意见，以至登莱明军大败，连自己都被俘虏了。对此，《明史?张可大传》中就有如下记载：

“未行而孔有德反吴桥，东陷六城。可大急往剿，元化檄止之，不听有德暮薄城。可大请击之，元化持抚议，不许。可大陈利害甚切，元化期明岁元日发兵合击。至期，元化兵不发焘（张焘，据说也是一名火器专家）兵半降有德，遣归为内应。元化开门纳之，可大谏，不听。夜半贼至，城遂陷。”

孙元化此前因羞愧而自杀未遂，但被俘虏后因之前曾收留孔有德等人算对其有恩，故孔有德并没有杀他，甚至还差点被孙元化说服，准备接受朝廷招抚。但是，孙元化的计划最终被巡按王道纯破坏，始终没能成功。王道纯也算是医学家，竟自己没有著作，但校检及整理过许多前人的医学著作，更懂官场厚黑。

孔有德之乱被平定后，孙元化却要承担责任，于是被崇祯皇帝下令斩首。他恐怕到死都没想到自己收留的孔有德不仅带着自己部队跑去投降清朝，而且还带走自己积攒的火炮、炮手和铸造火炮的外国专家。

在明朝末年的崇祯朝，孙元化的名气要比武之望大得多，因为他是研发火器的专家，在战乱年代要比搞医学的更为人熟知，而且“孔有德之乱”也比“固原兵变”危害更大，因为这让满清获得了“火器”上的优势。

孔有德生于万历三十年（西元1602年），字瑞图，辽东盖州卫人，即今辽宁省盖州市人，原籍山东，原本为明末崇祯朝一边关将领，与同乡耿仲明过从甚密，且拜耿仲明为“义兄”，后来人们多以“孔耿”连称。

孔有德“骁勇善斗，临阵先登，为诸将冠”，累升至参将。为毛文龙部将，实际上被毛文龙收为“养孙”，赐名“永诗”。他对毛文龙的知遇之恩非常感激，以至于在贵为清朝藩王后依然“每言（毛）大将军时事，辄于色不自胜”，因毛文龙冒领粮饷，巨额行贿，军纪涣散，不尊号令被袁崇焕用尚方宝剑所杀，故恨明朝。

当初，毛文龙死后，孔有德与耿仲明等人来投奔孙元化，却于崇祯四年（西元1631年）发动“吴桥兵变”，投降满清。崇祯九年（西元1636年），接受满清朝廷册封为“恭顺王”，出征朝鲜、锦州、松山等地。

“八旗汉军”成立时，孔有德被编入“汉军正红旗”。入关后，孔有德随满清“豫亲王”多铎追剿农民起义军，并镇压了江南各地抗清斗争。顺治三年（西元1646年）授“平南大将军”，进攻“南明”永历政权。从此，孔有德开始单独统兵并占领了湖南地区，但在进攻广西桂林时却被南明将领瞿式耜等联合率军打败。

顺治五年（西元1648年）六月，孔有德至武昌候旨换防，其间金声桓、李成栋反清，各地清军向孔有德求救，孔有德却不发一兵一卒。孔有德班师回京后，南方局势趋于稳定，清廷又打算调“三顺王”南征。

起初，清廷以孔有德守福建，尚可喜平广西，但尚可喜认为广西地处偏僻，情况复杂，有意推辞。这时，孔有德“毅然以粤西为请”，于是清廷予以批准，改封他为“定南王”，率军二万出征广西，并携家镇守。

顺治七年（西元1650年）十一月，孔有德率清军攻破桂林，并俘虏了南明重臣张同敞、瞿式耜及靖江王朱亨歅等。这时，孔有德住进了“靖江王府”，并将其改为“定南王府”，从此打算在广西养老，享受生活。

起初，孔有德对待这些被俘虏南明遗老还敬如座上宾，但后来因截获瞿式耜暗约焦琏攻城的密檄后，便将瞿、张二人处死于桂林风洞山仙鹤岭下，而“靖江王”朱亨歅则在西门外的民房中被孔有德命人缢死。

孔有德在随后一年时间中，几乎占领了广西境。顺治九年（西元1652年），南明“西宁王”李定国率东路军收复湖南大部，并南下广西，直趋桂林。同年六月，清朝“定南王”孔有德亲自率军前往桂北兴安县“严关”扼险拒守。但是，南明军却以象阵大破清军，不仅取得“严关之战”的胜利，而且还穷追不舍继续打。

孔有德狼狈奔回桂林，并下令紧闭城门，惶惶不可终日。随后，南明李定国乘胜追至桂林，将城包围。至七月初四，南明军登云梯攻城，而孔有德额头已中一箭，自知走投无路，便令其妻妾们上吊自杀。

也有人说孔有德担心自己的妻妾们会在自己死后被南明军霸占凌辱而失节，让自己“戴绿帽子”，于是便拔剑能将妻妾们都亲手杀死了，然后自己在王府中纵火，并北向再拜清廷，最后自刎而死，也不投降。

其子孔廷训在逃跑过程中被明军俘获，仅有一女孔四贞成功逃脱。清朝顺治帝听说了孔有德的死讯后，赐谥号“武壮”。两年后，其女孔四贞奉其父遗骸还京，而顺治帝则命“三品”以上大臣郊迎，给予厚葬。

孔有德之子孔廷训在顺治十五年（西元1659年）被南明李定国下令处斩，导致孔有德绝嗣。其女孔四贞则被清朝孝庄太后收为养女，受封“和硕格格”。由于孔四贞出身将门，随父军中，导致从小性情刚烈。

后来，她以“大清公主”身份下嫁给孙延龄后，在丈夫面前趾高气扬，令丈夫心生怨怼。但孙延龄心机颇深，最初对孔四贞百般恭敬，而孔四贞在得到“爱情滋润”后遂为他在宫廷游说，更让孙延龄得宠朝中。

康熙四年（西元1665年），孙延龄怂恿孔四贞请求朝廷准许他们“就食广西”，得到了康熙帝的批准。

后来，孙延龄夫妇举家南下，但“山高皇帝远”。于是，孙延龄便渐次排挤了孔四贞，夫妻感情恶化。

“三藩之乱”爆发后，孙延龄首鼠两端，终被吴世琮所杀。后来，吴三桂把孔四贞接到云南，以为他笼络原定南王的部属，但事实上却形同软禁，因为孔四贞思想太简单，丝毫没有一点厚脸心黑的官场属性。

孔四贞被迫待在昆明八年，直到“三藩之乱”被平定后，她才得以辗转返回京师，但晚景却非常凄凉。

传说孔四贞死后葬在今北京的“公主坟”，于是该地乃因此得名。但终归道听途说，已考证此说不实。

言归正传，孙元化的人生结局跟武之望的也大同小异，因为他们不擅长工于心计，甚至做不到厚脸心黑，几乎完不懂“官场变通”，即便在搞科学技术方面很牛，但在官场危机到来时束手无策，注定凄惨。

孙元化被杀时只有51岁，对于科学家来说，这算是年富力强的年龄，却死得相当可惜。以上是两位明末时期比较著名的科学家式的官员，做官把自己作死的基本情况，却远不如孔有德、孙延龄等厚黑高手。

还有如宋应星、方以智这样的科学家类型的明朝官员，好不容易挨到晚年，干脆老老实实离开官场，甚至不愿在清朝做官，只做一心研究的科学家。他们的人生结局虽也在郁闷中度过，但至少能有个善终。

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